農林剩余物生物質發電是依靠國家補貼運行的公益性項目，其本身盈利水平不可能太高。不過對于國內生物質發電企業來說，如果當地資源量符合項目要求、沒有惡性競爭，原料供應模式合理，鍋爐和上料關鍵設備選型科學，完全可以實現7000多小時以上的年利用小時數，能夠有一定的盈利。
而在實際運營中要想盈利，筆者認為須注意以下幾個問題。
首先是科學布局。根據生物質利用產業原料資源區域性、獨占性強的特點，國家發改委在2010年發布了《關于生物質發電項目建設管理的通知》，明確要求每個縣域100千米半徑范圍內不得重復布置生物質發電廠，避免項目不合理布局和燃料惡性競爭現象。
但是，也有一些地方政府和企業盲目布局，對行業的整體健康發展造成嚴重不利影響。如目前山東與河北邊界已是國內生物質發電布局最密集的區域之一，該區域的生物質燃料爭奪已呈白熱化，有些電廠因為燃料不足幾乎停產。生物質發電項目原料分布特點決定了“扎堆”布局必然導致燃料價高質次惡性競爭。
其次，生物質發電還需要一套好的設備。中國農林生物質原料復雜多樣，品質差異巨大，因此需要一套性能穩定、可靠的燃燒設備，這能最大限度地適應中國生物質燃料品種多、形態多、季節差異大、含水量與熱值復雜多樣的特點。從國家發改委補貼目錄來看，對比采用不同鍋爐的生物質電廠，其發電量、年利用小時數差異巨大。
我國雖然長期以來積累了很先進的燃煤鍋爐設計制造技術，但是對于生物質專業燃燒鍋爐設計和制造經驗不足。我們需要在燃燒草本農作物秸稈工業化燃燒鍋爐和上料系統關鍵設備材料選擇、設計和制造技術、成本控制、輔機配套完善等方面取得突破。沒有一套好設備，項目就難以保證穩定運行，盈利就很困難。
第三，生物質發電需要一套經過實踐考驗的規模化生物原料收集和儲運系統。
在中國，治理秸稈焚燒問題的關鍵不是轉化和利用技術，而是秸稈的收集問題。其核心是基于“秸稈的規模化、工業化收集應用產業”拉動秸稈的規模化、工業化收集，才可以持續發展。
在中國開展生物質能源的利用，需要突破原有的小農、小規模、小型、戶用的傳統思維模式，走“規模化、工業化、產業化、標準化”的路子。這也是中國現在農村勞動力急劇減少、城鎮化快速發展的客觀要求。
第四，生物質發電還需要科學的管理。生物質發電是“小電廠、大燃料”。生物質發電項目不能像常規火電一樣管理，生物質發電原料的供應、品質等，都會影響電廠的管理和設備的操作。
農業剩余物生物質發電，其利潤水平不可能像其他高投入、高產出的行業一樣高。國內某些生物發電投資商科技創新精神差，科技研發投入不足，管理水平低、成本高，亟須提高管理運營水平。
第五，生物質發電的科技創新體系亟須完善。生物質能源轉化路線繁多，經常是各領風騷一兩年，局部雖有突破，于整體產業發展卻無大建樹。我們必須快速建設以龍頭企業為首的產業實踐與創新體系，實現“官、產、學、研、用”五位一體的全行業的創新和發展平臺，使產業創新、研究和發展較為緊密地結合起來。
此外，發展生物質發電，還應注意到人工成本上升的因素。生物質發電是農村用工勞動密集型產業。這幾年，農村勞動力缺乏以及成本上升，致使燃料的加工、儲運、管理環節人工成本在上升。此類價格上升的不可逆轉，國家應該考慮予以適當扶持。
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